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Fondé en 1838, le Muséum d’Histoire Naturelle est situé dans l'un des plus beaux hôtels particuliers d'Aix, l'Hôtel Boyer d'Eguilles, rue Espariat.

Le Muséum est connu pour ses collections d'œufs de dinosaures de la région d'Aix. Depuis quelques années, les fouilles conduites avec des étudiants en paléontologie, ont mis au jour plusieurs squelettes complets de dinosaures en cours d'exposition dans le musée, ainsi que des reconstitutions de plusieurs espèces. L’année 2010 a été riche en campagnes de fouilles qui se sont déroulées en quatre lieux différents des bassins d’Aix et de la Durance, Jouques, Ollières, Pourrières et Roques-Hautes. A l’occasion de la fouille sur le site de Roques-Hautes, une cinquantaine d’œufs groupés dans 12 nids ont été prélevés, appartenant à au moins deux espèces de dinosaures.

Les collections du Muséum sont riches de près de 660 000 spécimens. Elles regroupent 13 300 éléments de géologie, 130 000 de zoologie, environ 69 000 fossiles, et à peu prés 16 000 exemplaires de collections sur archéologiques et ethnologiques. Mais la majorité des collections est constituée par la botanique, qui représente pas moins de 429 000 spécimens. Ce qui fait du Muséum d’Aix-en-Provence l’un des plus riches de France.

Dans le cadre de projets nationaux et européens d'expertise et de valorisation des herbiers de Provence Alpe Côte d’Azur, le Muséum d'Aix en Provence se lance dans la restauration de ses collections d’herbiers. Ces collections font partie de notre patrimoine culturel, historique et scientifique et sont la base d'une banque de données, témoin de notre biodiversité. Ce travail de valorisation comprend, en amont, une phase de restauration des herbiers de manière à mettre en avant les données historiques, visuelles et scientifiques de chaque spécimen de plante. Si l'ensemble des collections d'herbiers doit être restauré, l'accent est mis sur les spécimens des herbiers du pensionnat des frères d'Avignon, de Reynier, Amat et Fiéreck. Cela représente environ 18.000 planches à restaurer!

Il s'agit d'un travail de grande ampleur et pour se faire, le Muséum a lancé un appel à bénévoles lors des journées européennes du patrimoine, les 18 et 19 septembre derniers. Depuis cette date, un groupe d'une quinzaine de personnes s'est progressivement mis en place. Cet atelier est encore ouvert aux inscriptions.

Le Musée se décompose en 2 grandes parties. La salle d’expositions permanentes, divisée en plusieurs espaces, présente des fossiles issus des fouilles conduites par le muséum, des œufs et nids de dinosaures, mais également l’histoire de la montagne Sainte Victoire, les mouvements tectoniques qui ont façonné son relief et la nature des roches qui composent le massif. On peut aussi y observer l’évolution et l’adaptation des animaux à leur environnement au cours du temps.

Tout au long de l’année se succèdent également de nombreuses expositions dans la salle d’expositions temporaires du musée.

Le Muséum participe à des évènements majeurs comme le festival de la bande dessinée, la fête de la nature, la nuit des musées, les journées du patrimoine et la fête de la science.

Les expositions développées ainsi que les nombreuses activités en direction du public, et notamment des jeunes avec les ateliers pédagogiques, font du Muséum d’Histoire Naturelle un élément essentiel de la vie culturelle aixoise.